Za vrijeme Jugoslavije, a potom i Srbije bio je aktivan u brojnim antiratnim i mirovnim organizacijama i pokretima, posebice tijekom devedesetih prošloga stoljeća. Napisao je i režirao kratki film Ona voli (1968.), a potom debitirao dugometražnim filmom Plastični Isus (1971.) koji je kritizirao totalitarizam 20. stoljeća kombinirajući u filmu arhivske snimke ustaša, četnika, Hitlera i Tita. Film je iz političkih razloga u Jugoslaviji bio zabranjen, a redatelj osuđen na zatvorsku kaznu. Film je premijerno prikazan tek 1990. godine. Plastični Isus je jedan od najvažnijih filmova takozvanog crnog vala, a redatelju je donio nagradu međunarodnog žirija kritike na festivalu u Montrealu 1991. godine. Po izlasku iz zatvora Stojanović je radio kao novinar, bio je i jedan od osnivača beogradskog tjednika Vreme, a režirao je i nekoliko kazališnih predstava. Napisao je scenarij za film Luda kuća (1980.) koji je režirao Ljubiša Ristić, glasoviti kazališni redatelj. Bavio se režijom dokumentarnih filmova među kojima se ističu oni o vođama bosanskih Srba Ratku Mladiću i Radovanu Karadžiću Škorpioni – spomenar i Srpska epika. Posljednje godine života proveo je na relaciji Beograd Sjedinjene Američke Države.