Popov je diplomirao režiju 1973. na Akademiji u Beogradu u klasi profesora Radoša Novakovića. Tijekom studija snimio je deset kratkih igranih filmova. Od 1974. do 1978. bio je slobodni filmski umjetnik, a od 1978. do 1988. radio je kao redatelj za producentsku kuću Vardar film, a od 1985. do 1986. bio je njen direktor. Od 1989. bio je profesor filmske režije na Akademiji u Skopju. Iste godine s redateljima Dančom Čevreskim i Stevom Crvenkovskim osnovao je privatnu filmsku tvrtku Triangle. Članom Europske filmske akademije postao je 1999.
Iako je široj publici poznat po cjelovečernjim filmovima: Crveni konj, Sretna nova 49(dobitnik tri Zlatne arene 1986. u Puli), Tetoviranje, Popov je međunarodnu afirmaciju ipak stekao dokumentarnim filmovima Vatra (1974.) i Australija, Australija (1976.). Film Vatra je nagrađen prvom nagradom na Festivalu dokumentarnih i kratkih filmova u Beogradu. Australia, Australia i Dae (1979.) osvojili su nagrade na istom festivalu u Beogradu. Dae je nagrađen i na festivalima u Oberhausenu i Melbourneu, a nominiran je i za Oscara.